Rioja fue fundada el 22 de septiembre de 1772 por don Félix de la Rosa Reátegui y Gaviria, tras la llegada del Obispo de Trujillo Baltasar Jaime Martínez de Compañón y Bujanda y del Corregidor Mayor Don Juan José Martínez de Pinillos. Se le puso el nombre de Santo Toribio de la Nueva Rioja en honor al primer misionero católico que visitó estas tierras y al lugar de nacimiento del Corregidor.
En Rioja tuvieron lugar varias batallas en busca de la consolidación de la independencia de Maynas. El 4 de septiembre de 1822, las tropas patriotas, dirigidas por el Teniente Coronel Nicolás Arriola, parten de Chachapoyas con dirección a Moyobamba. A su paso por Rioja, libran tres batallas: Batalla de la Ventana, Tambo del Visitador y de Rioja. Vencedores, avanzan hacia La Habana, donde se libra la Batalla de La Habana, logrando vencer a los españoles y proclamando la independencia de Maynas el 25 de septiembre de 1822.
Por Ley Nº 8142 del año 1935, se crea la Provincia de Rioja, contando inicialmente con cuatro distritos: Rioja, Pósic, Yorongos y Yuracyacu. Posteriormente, tras la apertura de la Carretera Marginal, se formaron nuevas poblaciones, creándose entonces cinco distritos más: Pardo Miguel, Nueva Cajamarca, Elías Soplín Vargas, San Fernando y Awajún, determinando así su actual distribución política.
Rioja, conocida como la puerta de entrada a la Amazonía, destaca por su geografía privilegiada, con cataratas, cavernas, y los bosques de Aguajales y Renacales. Las principales actividades económicas de la provincia son la agricultura, el turismo y la ganadería. Con el crecimiento económico del país, se observa un mayor flujo comercial y nuevas inversiones en la región, consolidando a Rioja como un punto clave de la selva peruana.